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[会計ポイント解説 H16年基準とH20年基準の違い ]
移行申請までの会計は、平成16年度改正の会計基準で会計処理を行っても良いことになっているが、申請書類の作成や審査基準は、平成20年度改正の会計基準で行われるため、少なくとも申請を予定している前年の会計からは平成20年基準に移行したほうが良い。

また、新しく設立する公益法人は、平成20年基準の適用となる。
平成16年基準 平成20年基準
貸借対照表 (1)「特定資産」が区分掲記
(2)正味財産が「指定正味財産」と
「一般正味財産」に2区分
(1)「特定資産」が区分掲記
(2)正味財産が「基金」と「指定正味財産」と「一般正味財産」に3区分
貸借対照表総括表 一般会計と特別会計の区分経理 総括表は廃止され「貸借対照表内訳表」作成
正味財産増減計算書(フロー) 正味財産が「指定正味財産」と「一般正味財産」に2区分 正味財産が「基金」と「指定正味財産」と「一般正味財産」に3区分
正味財産増減計算書総括表 一般会計と特別会計の区分経理 総括表は廃止され「正味財産増減計算書内訳表」作成義務
附属明細書 なし 基本財産明細/特定資産明細/引当金明細
財産目録 正規の財務諸表 正規の財務諸表外
一般財団法人は作成不要
キャッシュ・フロー計算書 大規模法人に限る 公益財団法人・公益社団法人のみ
収支予算書 「事業活動収支の部」「投資活動収支の部」「財務活動収支の部」に三区分 正規の財務諸表外
正味財産増減計算書と同一の様式(損益ベース)
正規の財務諸表外 (1)「事業活動収支の部」
   「投資活動収支の部」
   「財務活動収支の部」に三区分
(2)注記の種類を最小限に縮小
正規の財務諸表外
正味財産増減計算書と同一の様式(損益ベース)